Historia Szkoły Podstawowej nr 47 im. Stefana Czarnieckiego sięga przełomu lat 30. i 40. XX w. Wówczas to, w 1940 r., powstała Publiczna Szkoła Powszechna III stopnia nr 47 im. Juliusza Lea z siedzibą przy ul. Saskiej 11, wydzielona ze Szkoły Powszechnej nr 41. Początkowo liczyła 5 klas i 8 oddziałów. W kolejnym roku szkolnym – 1940/41 – klas było już 6, a oddziałów – 9. Warto zaznaczyć, że w tamtym okresie nauka odbywała się po południu; niejednokrotnie z wielkimi trudnościami, np. dwukrotnie przerywano zajęcia na kilka dni z powodu braku opału. Nauczycielom, początkowo pracującym 24 godziny tygodniowo, zwiększono pensum do 30 godzin, a nauczycielkom do 28 godzin. Podczas okupacji hitlerowskiej budynek przy ul. Saskiej 11 był dwukrotnie zajmowany przez wojsko niemieckie, pierwszy raz w kwietniu 1941 r. W roku szkolnym 1941/42 doszło do podziału na szkołę żeńską nr 41 i męską nr 47. W tym samym roku szkolnym szkoła nr 47 powróciła do budynku szkoły nr 41. Po kolejnym zajęciu budynku przez wojska niemieckie młodzież uczyła się dwa razy w tygodniu w wynajętych salach w pawilonie na działce, w ochronce oraz w klasztorze Księży Sercanów.
Po wyzwoleniu szkoła nr 47 powróciła do budynku przy ul. Saskiej 11. Konieczny był jego remont po zniszczeniach wojennych. Uzupełniono wyposażenie, powstała szkolna biblioteka i w roku szkolnym 1945/46 naukę rozpoczęło 427 chłopców w 11 oddziałach.
W 1946 r. lokalna społeczność ufundowała sztandar szkoły.
Rok szkolny 1948/49 uczniowie rozpoczęli w nowym budynku, częściowo wykończonym, przy ul. Goszczyńskiego 44. Jego budowa rozpoczęła się jeszcze w 1938 r. Niestety, wybuch wojny przerwał prace. Po wojnie odpowiednie fundusze zebrano dopiero w 1947 r. Oficjalne przekazanie do użytku budynku szkoły nastąpiło w 1951 r.
Od roku szkolnego 1962/63 zniesiono podział na szkołę męską z siedzibą przy ul. Goszczyńskiego i szkołę żeńską z siedzibą przy ul. Saskiej 11.
W 1977 r. nastąpiło uroczyste nadanie Szkole Podstawowej nr 47 w Krakowie imienia Stefana Czarnieckiego.
Od 22 do 27 kwietnia 2002 r. uroczyście obchodzono Święto Szkoły związane z podwójnym jubileuszem – 25. rocznicą nadania szkole imienia Stefana Czarnieckiego oraz 50. rocznicą przeniesienia szkoły do budynku przy ul. Goszczyńskiego 44. Dyrekcja i grono pedagogiczne wraz z uczniami zorganizowali wystawy, wycieczki, warsztaty muzealne związane z patronem szkoły oraz epoką, w której żył. Przeprowadzono specjalne zajęcia lekcyjne. Przygotowano spektakl teatralny „Podróż w czasie”, koncert chóru uczniów klas I-III, a także występy artystyczne uczniów klas młodszych. Główne uroczystości miały miejsce 27 kwietnia. Rozpoczęły się o godzinie 9.00 uroczystą mszą św. w kościele Najświętszego Serca Pana Jezusa przy ul. Saskiej 2. Natomiast o godzinie 11.00 na sali gimnastycznej zaprezentowano część artystyczną obchodów zakończoną spotkaniem wszystkich gości z pracownikami szkoły.
Od roku szkolnego 2003/04 Szkoła Podstawowa nr 47 zyskała nową siedzibę przy ul. Myśliwskiej 64.
Obecnie w szkole uczy się ponad 800 uczniów. Odnoszą oni sukcesy w różnego rodzaju konkursach przedmiotowych, osiągają sukcesy sportowe, sprawdzian szóstoklasistów co roku wypada na poziomie wysokim.
Szkoła pełni nie tylko funkcje dydaktyczno-wychowawcze; jest także ważnym elementem lokalnego krajobrazu. Odbywają się w niej ważne dla miejscowej społeczności spotkania, popołudniami i wieczorami można uczestniczyć w różnego rodzaju zajęciach rekreacyjno-sportowych.
Marek Chadziński